微生物组高级
微生物组 16S 数据分析流程
从 16S 扩增子测序数据和样本信息表出发，完成质控、特征表生成、多样性分析、差异分析和可视化。
预计耗时：1-2 天 5 个步骤
操作步骤
1
准备数据和 metadata
QIIME 2整理 FASTQ 文件、样本分组信息和实验设计表。
metadata 的样本编号必须与测序文件严格一致。
2
质量控制
QIIME 2 / DADA2完成序列质控、去噪、去嵌合体和特征序列生成。
截断长度要结合质量图决定。
3
构建特征表
QIIME 2生成 ASV/OTU 特征表，并进行物种注释。
物种注释数据库和版本需要在论文方法中说明。
4
多样性分析
QIIME 2 / R计算 Alpha 多样性、Beta 多样性和群落结构差异。
统计检验要与分组设计匹配。
5
差异菌群和可视化
R / Phyloseq进行差异丰度分析，并绘制组成图、热图、PCoA 和箱线图。
差异结果要结合生物学意义解释。
流程完成