科研工具库
收录免费、开源、合法科研软件与工具， 按真实科研任务组织，而不是只列软件名字。
共找到 438 个工具
APSIM Simulation Toolkit
【自研】APSIM 图形界面批量运行工具，支持参数扫描、情景对比和结果整理。
PDF Watermark Tool
【自研】批量 PDF 水印工具，支持文字水印和图片水印。
VBA Certificate Generator
【自研】为 Excel / Word VBA 宏项目生成自签名代码签名证书。
Everything
Windows 本地文件极速搜索工具，适合快速查找论文、数据、代码、图片和项目文件。
Microsoft PowerToys
微软官方免费开源效率工具集，适合窗口管理、批量重命名、取色和文本提取。
PDF24 Creator
免费的 PDF 工具箱，支持合并、拆分、压缩、转换、OCR、水印和页面处理。
ShareX
免费开源截图、录屏和 GIF 制作工具，适合科研演示、论文修改和软件教程。
3D Slicer
免费开源医学影像计算平台，适合医学图像分割、配准、三维可视化和影像分析。
3D Slicer
免费开源医学与三维图像分析平台,适合体数据分割和可视化。
7-Zip
免费开源压缩解压工具，适合科研数据包、代码包和项目文件归档。
ade4 / adespatial
开源 R 生态多元统计与空间生态分析包,适合排序、空间结构和多尺度分析。
Aegisub
开源字幕时间轴编辑工具，适合精细调整课程、访谈和演示视频字幕。
Aim
开源机器学习实验记录工具，适合追踪参数、指标、图表和模型训练过程。
Altair
开源声明式统计可视化库，适合 Python 数据分析和快速生成图表。
Anki
开源间隔重复记忆工具，适合语言学习、考试复习和知识卡片管理。
AntConc
免费的语料库分析工具，适合词频、关键词、搭配和语境检索。
Apache Airflow
开源工作流调度平台，适合数据管道、定时任务和科研流程自动化。
Apache Arrow
跨语言开源列式数据格式和计算基础设施，适合高性能数据交换。
Apache NiFi
开源数据流处理平台，适合数据采集、传输、转换和流程编排。
Apache Superset
Apache 开源数据可视化和商业智能平台，适合构建复杂数据仪表盘。
Appsmith
开源低代码内部工具平台，适合数据管理后台、表单和项目管理界面。
APSIM
全球领先的农业系统模型,支持作物、土壤、水分全过程模拟。
AquaCrop
FAO 作物水分生产力模型,适合水分胁迫和灌溉管理研究。
ArviZ
开源贝叶斯模型诊断和可视化工具，适合 MCMC 结果检查和后验分析。
ASE
开源原子模拟环境，适合材料模拟、分子建模和计算化学工作流。
ASReview LAB
开源的 AI 辅助系统综述筛选工具，适合大量文献的标题和摘要筛选。
Audacity
免费开源音频录制和编辑软件，适合访谈、课程录音和音频数据处理。
AutoGluon
开源自动机器学习工具，适合表格、图像、文本和多模态建模。
AutoHotkey
Windows 自动化脚本工具，适合快捷键、批量操作和重复任务自动化。
Avogadro
开源分子结构编辑和可视化软件，适合化学结构绘制和分子模型查看。
Baserow
开源类 Airtable 数据库工具，适合项目表格、资料库和轻量数据管理。
BCFtools
开源变异文件处理工具，适合 VCF/BCF 查看、过滤、统计和变异分析。
BEAST
开源贝叶斯系统发育分析软件，适合进化时间、系统树和群体历史推断。
BERTopic
开源主题建模工具，适合基于句向量的文本聚类、主题发现和可视化。
Bioconductor
R 生态开源生物信息分析包集合，适合组学数据处理和统计分析。
BioImage Suite Web
开源网页版生物与医学图像分析工具,适合图像配准、分割和可视化。
biomod2
R 生态物种分布建模工具，适合多模型集成、生态位模型和分布预测。
biomod2
开源 R 物种分布建模包,支持多算法建模、集合预测和模型评价。
Bitwarden
开源核心的密码管理工具，适合多设备同步科研账号和常用登录信息。
Black
开源 Python 代码自动格式化工具，适合统一科研脚本和项目代码风格。
BLAST+
经典序列相似性搜索工具，适合 DNA、RNA 和蛋白序列比对。
BleachBit
开源系统清理工具，适合清理缓存、临时文件和释放磁盘空间。
Blender
免费开源三维创作软件,适合三维建模、科学可视化和场景渲染。
Bokeh
开源 Python 交互式可视化库，适合网页图表和数据应用。
bookdown
R Markdown 开源书籍和长文档写作工具，适合教材、论文和课程资料。
Bowtie 2
开源高效短序列比对工具，适合 DNA reads 与参考序列比对。
Brightway
开源 Python 生命周期评价框架,适合可重复的 LCA 编程分析。
Budibase
开源低代码平台，适合内部管理系统、表单、数据库应用和审批流程。
Bulk Rename Utility
强大的批量重命名工具，适合整理样点照片、实验图片、PDF 和数据文件。
BWA
开源短序列比对工具，适合高通量测序 reads 与参考基因组比对。
Calibre
免费开源电子书和资料管理工具，适合整理教材、手册、PDF 和电子书。
Cantera
开源化学动力学和热力学计算工具，适合燃烧、反应器和反应动力学模拟。
Castor EDC Community
面向临床和调查数据采集的免费/社区方案，适合谨慎收录。
CATMA
面向文本标注和文学文本分析的免费平台，适合人文研究和文本细读。
CellProfiler
Broad Institute 出品的免费开源图像分析软件,适合细胞图像高通量分析。
CesiumJS
开源三维地球和三维地理可视化工具，适合遥感、地形和城市三维展示。
Circuitscape
开源景观连通性模型,基于电路理论模拟物种迁移和基因流。
CKAN
开源数据门户平台，适合开放数据、数据目录和机构数据发布。
CloudCompare
开源三维点云处理软件,适合 LiDAR 点云、森林结构和三维场景分析。
CmdStanPy
Stan 的 Python 接口，适合在 Python 工作流中运行贝叶斯模型。
Code_Aster
开源结构力学有限元求解器,适合线性、非线性和热-力耦合分析。
CryptPad
开源加密协作文档平台，适合安全写作、表格、白板和团队协作。
CrystalDiskInfo
免费开源硬盘健康监测工具，适合检查硬盘状态、温度和 SMART 信息。
CVAT
开源图像和视频标注工具，适合目标检测、分割和计算机视觉数据集制作。
Cytoscape
开源复杂网络可视化平台,常用于生物网络和系统生物学分析。
darktable
开源 RAW 照片处理软件，适合野外调查照片和科研图像后期处理。
Dask
开源 Python 并行计算工具，适合较大数据集和分布式数据分析。
DataLad
开源科研数据版本管理工具，适合数据集追踪、共享和可重复研究。
Dataverse
开源科研数据仓储平台，适合数据发布、引用、共享和机构数据管理。
Datawrapper
在线制作清晰图表和地图的工具,适合快速生成可分享的数据图。
DB Browser for SQLite
免费开源 SQLite 数据库查看和编辑工具，适合轻量数据库管理。
DBeaver Community
免费开源数据库管理工具，适合连接 PostgreSQL、MySQL、SQLite 等数据库。
dbt Core
开源数据转换工具，适合 SQL 数据建模、数据仓库和可重复数据流程。
DHIS2
开源健康数据管理平台,适合公共卫生数据采集、分析和可视化。
diagrams.net / draw.io
免费的流程图和结构图工具，适合论文技术路线图、模型框架图和课程示意图。
Directus
开源数据后台和内容管理平台，适合把数据库变成 API 和管理界面。
doccano
开源文本标注工具，适合文本分类、序列标注和关系抽取数据集制作。
DocFetcher
开源本地全文搜索工具，可搜索 PDF、Word、文本文件内部内容。
Docusaurus
开源文档网站框架，适合项目文档、工具说明和科研软件官网。
Drone CI
开源核心的自动化构建和部署工具，适合容器化 CI/CD 流程。
DSSAT
作物模型决策支持系统,涵盖 40+ 种作物的生长模拟模型。
DuckDB
开源本地分析型数据库，适合快速分析 CSV、Parquet 和中大型表格数据。
dupeGuru
免费开源重复文件查找工具，适合清理重复论文、图片、数据和备份文件。
Duplicati
免费开源加密备份工具，适合项目数据、论文文件和重要资料定期备份。
DVC
开源数据与模型版本管理工具,适合科研数据、模型和实验文件追踪。
DWSIM
开源化工流程模拟软件,适合稳态、动态流程和热力学计算。
EasyOCR
简单易用的开源 OCR Python 工具，支持多语言图片文字识别。
Eclipse SUMO
免费开源交通流模拟软件,适合城市道路、公共交通和多模式出行模拟。
eLabFTW
开源电子实验记录本和实验室管理系统，适合实验记录与资料归档。
Elmer FEM
开源多物理场有限元软件，适合结构、热、流体和电磁仿真。
Elmer FEM
开源多物理场有限元软件,适合结构、流体、传热和电磁模拟。
EMBOSS
开源生物信息工具集，适合序列格式转换、比对、翻译和基础序列分析。
Enketo
开源网页表单工具，适合 ODK / XLSForm 表单在线填写和数据采集。
ENMeval
R 生态位模型评估工具，适合 Maxent 参数调优、模型选择和空间验证。
ENMeval
开源 R 包,用于 MaxEnt / 生态位模型参数调优和空间交叉验证。
Entwine
开源大规模点云组织和切片工具，适合 LiDAR 数据发布和 Web 浏览。
Epi Info
CDC 出品的公共领域公共卫生统计工具,适合流行病学调查和数据分析。
Etherpad
开源多人实时协作文档工具，适合会议记录、课堂共写和团队草稿。
Evidence
开源 Markdown + SQL 数据报告工具，适合制作可维护的数据分析网页报告。
Excalidraw
开源手绘风格示意图工具，适合概念图、课堂讲解和论文思路草图。
FastQC
免费开源测序数据质控工具，适合 FASTQ 文件质量检查和报告生成。
FEniCSx
开源有限元计算平台，适合偏微分方程、数值模拟和科学计算研究。
FFmpeg
开源音视频处理工具，适合格式转换、压缩、剪切、抽帧和批量处理。
FiftyOne
开源视觉数据集分析工具，适合检查图像数据、标签质量和模型预测结果。
File Converter
Windows 右键文件格式转换工具，适合批量转换图片、音频、视频和文档。
Flameshot
跨平台开源截图标注工具，适合快速截图、箭头标注和教学反馈。
FontForge
开源字体编辑软件，适合字体制作、符号字体和科研图形字体调整。
FORCE
面向 Landsat / Sentinel-2 长时序分析的开源遥感处理框架。
Forgejo
开源自托管代码托管平台，适合轻量 Git 服务和社区协作。
Formbricks
开源问卷和用户反馈工具，适合网站调查、用户反馈和研究问卷收集。
FreeCAD
免费开源参数化 CAD 软件,适合实验装置、结构件和工程示意图建模。
FreeFEM
开源有限元软件，适合偏微分方程、工程仿真和科学计算教学。
FreeFileSync
文件夹同步和备份工具，适合论文、数据、代码和项目文件多位置备份。
FreeLIMS
免费开源实验室信息管理系统，适合小型实验室样品和检测数据管理。
Freeplane
免费开源思维导图工具，适合论文结构、研究设计和项目规划。
Galaxy
开源生物信息分析平台，适合可视化工作流和可重复分析。
GAMA Platform
开源多主体建模平台,适合空间显式生态、城市和复杂系统模拟。
GanttProject
免费开源项目进度管理软件，适合课题任务安排和甘特图制作。
Gazebo
开源机器人仿真平台，适合机器人、传感器、机械系统和自动化场景模拟。
GDAL
GIS 与遥感数据处理的底层基础库,支持大量栅格和矢量格式读写与转换。
Gensim
开源主题建模和文本向量工具，适合语料库分析、Word2Vec 和文本挖掘。
GeoDa
免费开源空间数据分析软件,适合空间自相关、LISA 和空间回归入门。
GeoPandas
开源 Python 地理空间数据分析库，适合矢量数据处理和空间分析。
GeoServer
开源地理空间服务器，适合发布 WMS、WFS 和 Web 地图服务。
Gephi
免费开源网络可视化软件,适合复杂关系网络和共现网络分析。
Ghostscript
开源 PostScript / PDF 处理工具，适合 PDF 转换、压缩和打印流程。
gImageReader
Tesseract 图形界面 OCR 工具，适合图片和扫描文档文字识别。
GIMP
免费开源图像编辑软件,适合论文图片后期处理和位图编辑。
Git
免费开源版本控制系统,是代码、脚本和论文项目协作的基础工具。
Gitea
轻量级开源自托管 Git 服务，适合个人和小团队代码管理。
GitHub Desktop
免费开源图形界面 Git 工具,适合非程序员管理 GitHub 项目。
GitLab CE
开源代码托管和 CI/CD 平台，适合自托管 Git、团队代码管理和自动化流程。
GNU Octave
开源数值计算软件，适合矩阵计算、工程计算和 MATLAB 类工作流。
GNU Octave
MATLAB 风格的免费开源数值计算环境,适合教学和算法验证。
GNU PSPP
GNU 出品的免费统计软件,适合 SPSS 数据和基础统计分析。
Gnuplot
经典开源命令行科学绘图工具，适合脚本化生成图表。
Google Earth Engine
云端遥感与地理空间分析平台,适合大尺度遥感数据处理。
Gradio
开源模型演示界面工具，适合快速展示 AI、机器学习和数据处理模型。
Grafana
开源数据监控和仪表盘工具，适合时间序列、服务器监控和数据看板。
Graphviz
开源图结构可视化工具，适合自动生成流程图、网络图和结构关系图。
GRASS GIS
强大的开源地理空间处理引擎,适合大规模 GIS、遥感和地形分析。
Great Expectations
开源数据质量检查工具，适合数据验证、规则检查和数据管道质量控制。
Greenshot
轻量级开源截图标注工具，适合论文修改、软件教程和网页截图。
Gretl
免费开源计量经济学软件，适合回归分析、时间序列和经济数据建模。
gvSIG Desktop
开源桌面 GIS 软件,支持常用栅格、矢量和网络地图服务。
Gwyddion
开源扫描探针显微数据分析软件，适合 AFM 和表面形貌分析。
H5P
开源交互式教学内容工具，适合互动题、课件、视频问答和网页教学组件。
HandBrake
免费开源视频压缩和格式转换工具，适合课程视频、实验录像和演示文件压缩。
HedgeDoc
开源在线协作 Markdown 编辑器，适合多人共同写作和课程讲义维护。
Hugging Face Transformers
开源 Transformer 模型库，适合大语言模型、文本分类、问答和多模态模型应用。
Hugo
高性能开源静态网站生成器，适合科研主页、博客和工具说明站。
Icy
开源生物图像分析平台，适合显微图像处理和插件化分析。
igraph
开源网络分析工具，适合复杂网络、社会网络和生态网络分析。
IGV
免费开源基因组浏览器，适合查看测序比对、变异和基因组注释。
ilastik
交互式机器学习图像分割工具,适合非编程用户进行像素分类。
ImageJ / Fiji
生命科学图像分析的行业标准,支持几乎所有显微镜图像格式。
ImageMagick
开源命令行图像处理工具，适合批量转换、压缩、裁剪和合成图片。
INCEpTION
开源语义标注平台，适合实体、关系、文本分类和语料库标注。
Inkscape
专业级矢量图形编辑器,论文配图制作首选免费替代方案。
InvenioRDM
开源科研数据仓储平台，适合机构知识库、数据发布和研究成果管理。
InVEST
开源生态系统服务评估模型,适合土地利用变化和自然资本分析。
IQ-TREE
开源系统发育树构建工具，适合最大似然进化树和模型选择。
ITK
开源医学图像处理工具包，适合图像分割、配准和体数据分析。
ITK-SNAP
免费开源医学图像分割工具，适合 MRI、CT 等三维影像的交互式标注。
JabRef
面向 BibTeX / LaTeX 用户的免费开源文献管理工具。
Jamovi
界面友好的统计分析软件,SPSS 的最佳免费替代方案。
JASP
免费开源的图形界面统计软件,支持经典统计和贝叶斯统计。
JAX
开源高性能数值计算和自动微分库，适合机器学习、科学计算和优化。
JBrowse 2
开源基因组浏览器，适合网页端展示基因组、注释、变异和测序数据。
Jmol / JSmol
开源分子三维结构查看工具，适合分子结构展示和网页交互可视化。
Joplin
免费开源 Markdown 笔记工具，适合科研笔记、项目资料和长期知识整理。
Julia
高性能开源科学计算语言,适合数值模拟、优化和大规模计算。
Jupyter Book
开源交互式书籍和课程网站工具，适合科研报告、教材和可执行文档。
Kanboard
轻量级开源看板工具，适合课题任务、个人项目和团队进度管理。
KaTeX
快速开源网页公式渲染工具，适合网站、博客和 Markdown 文档公式显示。
Kdenlive
免费开源视频剪辑软件，适合课程视频、软件演示和科研宣传材料制作。
KDiff3
开源文件和文件夹比较合并工具，适合代码、文本和配置文件差异处理。
KeePassXC
免费开源密码管理工具，适合保存邮箱、数据库、服务器和科研平台账号。
Kepler.gl
开源大规模空间数据可视化工具，适合点、线、轨迹和城市数据展示。
Keras
高层深度学习 API，适合快速搭建神经网络和教学演示。
KiCad
免费开源电子设计自动化软件,适合电路原理图和 PCB 绘制。
KNIME Analytics Platform
免费开源可视化数据分析平台,适合拖拽式数据处理、建模和自动化流程。
KNIME Image Processing
KNIME 图像分析扩展组件，适合图像处理和数据流程自动化。
KoboToolbox
免费开源数据采集平台，适合问卷调查、野外调查和离线移动数据收集。
KoboToolbox
开源野外数据采集平台,适合问卷、移动端表单和离线调查。
Kompare
开源文件差异比较工具，适合查看文本、代码和配置文件改动。
Kraken OCR
面向历史文档和手写体材料的开源 OCR / ATR 识别系统。
Krita
免费开源绘图软件,适合科研示意图、手绘图和图像标注。
Label Studio
开源数据标注平台，适合图像、文本、音频、视频和时间序列数据标注。
LabKey Server
开源科研数据管理平台，适合实验数据、样本信息和协作研究项目管理。
LabPlot
免费开源科学绘图和数据分析软件，适合实验数据可视化。
LAMMPS
开源分子动力学模拟软件，适合材料、分子、颗粒和多尺度模拟。
LanguageTool
开源语法和拼写检查工具，适合英文写作、润色和多语言文本检查。
LaTeXML
开源 LaTeX 转 XML/HTML 工具，适合数学文档、网页出版和公式内容转换。
Leaflet
轻量级开源 Web 地图库，适合制作交互式网页地图。
LibreCAD
免费开源二维 CAD 软件，适合平面结构图和实验装置示意图。
LibreOffice
免费开源办公套件,适合文档、表格、演示和基础数据整理。
LightGBM
微软开源的快速梯度提升框架，适合大规模表格数据建模。
LimeSurvey
开源在线问卷系统,适合自托管问卷、调查和教学评估。
Linkage Mapper
开源栖息地廊道分析工具箱,适合野生动物连通性和最小成本路径分析。
litsearchr
用于系统综述和 Meta 分析前期检索式构建的 R 包。
lme4 / glmmTMB
开源 R 混合效应模型工具,适合层级数据、重复测量和零膨胀模型。
Logseq
开源双链笔记和大纲式知识管理工具，适合研究日志和文献思路整理。
LosslessCut
开源无损视频快速剪切工具，适合裁剪实验录像、录屏和课程视频。
LyX
图形界面的 LaTeX 写作工具，适合论文、书籍和公式密集型文档。
Manim Community
开源数学动画制作工具，适合公式推导、算法解释和教学视频制作。
Manubot
开源协作论文写作工具，适合基于 Markdown 和 Git 的可重复写作流程。
Mapshaper
轻量级矢量地图处理工具,适合 Shapefile/GeoJSON 简化、转换和清理。
Marp
开源 Markdown 幻灯片工具，适合用 Markdown 快速制作课程和报告 PPT。
Marxan
免费开源保护规划工具,适合自然保护地优先区和空间规划分析。
MathJax
开源网页数学公式渲染引擎，适合科研网站、课程网页和在线文档。
Matplotlib
Python 经典开源绘图库，适合科研图表、论文配图和数据可视化。
Mattermost
开源团队聊天和协作平台，适合自托管课题组沟通环境。
Maxent
免费的物种分布模型工具，适合生态位建模和栖息地适宜性分析。
MaxEnt
开源物种分布模型软件,适合存在点数据的生态位和栖息地适宜性建模。
Maxima
免费开源计算机代数系统,适合符号计算、公式推导和数学建模。
Mayavi
开源 Python 三维科学可视化工具，适合三维场、网格和科学数据展示。
MediaInfo
开源媒体文件信息查看工具，适合检查视频、音频编码、分辨率和码率。
Meld
开源文件和文件夹比较工具，适合跨平台查看文本、代码和目录差异。
Mendeley Reference Manager
免费的文献管理软件,适合文献整理、PDF 管理和引用插入。
Mergin Maps
面向 QGIS 的外业数据采集和同步工具，适合团队野外调查。
Mermaid
用文本语法绘制流程图、时序图和甘特图的开源工具。
MeshLab
开源三维网格处理软件,适合点云、网格清理和三维模型后处理。
meta
上手较友好的 R 语言 Meta 分析包，适合常规 Meta 分析和森林图制作。
Metabase
开源数据看板和可视化分析工具，适合快速制作数据仪表盘。
metafor
R 语言中功能完整的 Meta 分析包，适合复杂 Meta 分析和论文复现。
MetaWin
面向生态学、进化生物学和研究综合的免费开源 Meta 分析软件。
MiKTeX
免费开源 TeX 发行版，适合 Windows 用户进行 LaTeX 论文排版。
MinerU
开源文档解析工具，可将 PDF、图片和 Office 文档转为 Markdown / JSON 等结构化结果。
MkDocs
开源文档网站生成器，适合软件说明文档、教程和项目手册。
MKVToolNix
开源 MKV 多媒体封装工具，适合视频封装、音轨字幕处理和文件整理。
MLflow
开源机器学习实验管理平台,适合记录模型训练、参数、指标和模型版本。
MODFLOW
USGS 公共领域地下水模型,适合地下水流、含水层和地表水-地下水耦合模拟。
MONAI
开源医学影像深度学习框架，适合医学图像分割、分类和模型训练。
MONICA
开源农田生态系统模型,模拟作物、土壤水分、碳氮循环和管理措施影响。
Moodle
开源学习管理系统，适合课程网站、在线教学、作业和考试管理。
MoodleBox
开源离线教学服务器方案，适合无网络环境下的 Moodle 课程教学。
MOOSE Framework
开源多物理场有限元框架,适合开发复杂耦合模拟程序。
mothur
开源微生物生态分析软件，适合扩增子测序、群落结构和多样性分析。
MrBayes
开源贝叶斯系统发育推断软件，适合分子序列进化树分析。
MRIcroGL
免费开源神经影像查看工具，适合 MRI、脑区图谱和医学影像可视化。
MultiQC
开源生物信息报告汇总工具，适合整合 FastQC 和多种分析软件结果。
MZmine
开源质谱数据处理软件，适合代谢组学、峰提取、对齐和定量分析。
napari
Python 生态中的开源多维科学图像查看、标注和分析工具。
NAPS2
免费开源扫描软件，可将纸质资料扫描为 PDF 并进行 OCR。
NetLogo
开源主体建模平台,适合生态系统、种群动态和复杂系统模拟。
NetworkX
开源 Python 网络分析库，适合图论、复杂网络和关系数据分析。
Nextcloud
开源自托管网盘和协作平台，适合文件同步、资料共享和团队协作。
Nextflow
开源数据分析流水线工具，适合生物信息和大规模科研流程管理。
NLTK
经典开源自然语言处理工具包，适合教学、语料处理和文本分析入门。
NocoDB
开源无代码数据库工具，可把数据库变成类似 Airtable 的在线表格。
Node-RED
开源流程自动化和物联网编排工具，适合传感器数据、实验设备和数据流处理。
Notepad++
免费开源文本与代码编辑器，适合查看 CSV、JSON、日志、配置文件和脚本。
Numba
开源 Python JIT 编译工具，适合加速数值计算和循环密集型代码。
OBS Studio
免费开源录屏和直播工具，适合课程录制、软件演示和实验流程记录。
Obsidian
本地 Markdown 知识库工具,适合科研笔记、项目管理和长期知识积累。
OCRFeeder
Linux 下开源 OCR 和版面识别工具，适合扫描文档文字提取。
OCRmyPDF
开源命令行工具,可为扫描版 PDF 添加可搜索 OCR 文本层。
ODK
开源移动端数据采集工具集,适合离线问卷、野外调查和表单管理。
ODK Central
开源移动数据采集服务器，适合 ODK 表单、调查项目和离线数据同步。
ODK Collect
开源 Android 数据采集应用，适合离线问卷、野外调查和移动表单填写。
OhMyForm
开源自托管表单和问卷工具，适合收集调查数据和反馈信息。
Okular
KDE 出品的开源 PDF 阅读和批注工具，适合文献阅读、标注和资料整理。
OMERO
开源显微图像数据管理平台,适合大规模生物图像存储、浏览和共享。
ONLYOFFICE
免费桌面办公套件和开源协作文档方案,兼容 Word、Excel、PowerPoint。
ONLYOFFICE Docs
开源在线 Office 协作文档服务，适合自托管 Word、Excel、PPT 协作编辑。
ONNX
开源机器学习模型交换格式，适合模型转换、部署和跨框架使用。
Open Babel
开源化学文件格式转换和分子数据处理工具。
Open edX
开源在线课程平台，适合大规模课程、MOOC 和教学网站建设。
Open Journal Systems
开源期刊出版管理系统，适合开放期刊投稿、审稿、编辑和发布流程。
Open Science Framework
开放科学项目管理平台，适合项目资料、预注册、数据共享和协作。
Open3D
开源三维数据处理库，适合点云、网格、三维重建和几何分析。
openBIS
开源科研数据和实验室信息管理平台，适合样品、实验和数据集管理。
OpenBoard
免费开源电子白板软件，适合课堂讲解、论文思路演示和录课。
OpenCV
开源计算机视觉库，适合图像处理、视频分析、目标检测和视觉算法开发。
OpenDroneMap
开源无人机影像处理工具,可生成正射影像、点云、DEM 和三维模型。
OpenELIS Global
开源实验室信息管理系统，适合公共卫生实验室、检测流程和样本管理。
OpenFOAM
开源计算流体力学软件，适合 CFD、流体、传热和多物理场仿真。
OpenFOAM
免费开源 CFD 工具箱,适合流体力学、传热和多相流数值模拟。
OpenJUMP
轻量级开源桌面 GIS,适合查看、编辑和分析矢量空间数据。
OpenLayers
功能强大的开源 Web GIS 地图库，适合复杂交互地图和空间数据展示。
openLCA
免费开源生命周期评价软件,适合 LCA、碳足迹和环境影响评估。
OpenMEE
面向生态学和进化生物学 Meta 分析的开源图形界面软件。
OpenModelica
开源 Modelica 建模与仿真环境,适合复杂系统动力学建模。
OpenModeller
开源生态位建模工具，适合物种分布预测和生态适宜性分析。
OpenMS
开源质谱数据分析工具，适合蛋白组学、代谢组学和 LC-MS 数据处理。
OpenProject
开源项目管理平台，适合任务看板、甘特图、课题协作和团队计划。
OpenQDA
免费开源协作式质性数据分析软件，适合访谈编码、文本标注和人文社科研究。
OpenRefine
免费开源数据清洗工具,适合整理混乱表格和批量标准化文本。
OpenSCAD
开源参数化 3D 建模工具，适合实验装置、零件和 3D 打印模型设计。
OpenShot
免费开源视频剪辑软件，适合简单课程视频、演示视频和宣传短片制作。
OpenSpecimen
开源生物样本库管理系统，适合样本采集、存储、追踪和研究数据管理。
Optuna
开源超参数优化框架，适合机器学习模型调参和实验搜索。
OR-Tools
Google 开源优化工具包，适合线性规划、整数规划、路径和调度问题。
Orange Data Mining
可视化机器学习和数据挖掘工具,适合不写代码完成探索分析。
Orfeo ToolBox
开源遥感影像处理工具箱,支持大影像处理、分类、分割和特征提取。
Overleaf Community Edition
可自托管的开源 LaTeX 协作平台，适合团队论文和模板化写作。
PaddleOCR
百度飞桨开源 OCR 工具包，适合中文文档、扫描 PDF、表格和版面识别。
Pandera
开源 DataFrame 数据验证工具，适合 pandas 数据质量检查和表格规则验证。
Pandoc
开源文档格式转换工具,可在 Markdown、Word、LaTeX、HTML 等格式之间转换。
pandoc-crossref
Pandoc 交叉引用过滤器，适合图表、公式、表格编号和引用。
Paperless-ngx
开源文档归档和 OCR 管理系统，适合扫描件、PDF 和资料库整理。
ParaAT
开源并行比对工具，适合蛋白编码序列的并行比对和分子进化分析前处理。
ParaView
开源三维科学数据可视化软件,适合数值模拟、流场和三维结果展示。
PAST
免费的科学统计分析软件,常用于生态学、古生物学和多元统计分析。
PCSE / WOFOST
开源 Python 作物模拟框架,包含 WOFOST 等作物模型实现。
PDAL
开源点云数据处理库，适合 LiDAR、三维点云和地形数据处理。
PDF Arranger
免费开源 PDF 页面整理工具，适合重排、拆分、合并和旋转 PDF 页面。
PDF-Extract-Kit
面向复杂 PDF 的开源内容提取工具，适合论文、表格、公式和版面解析。
PDFsam Basic
PDF 分割、合并、旋转、提取页面,免费且无广告。
Penpot
开源设计和原型工具，适合界面图、矢量图和科研软件原型设计。
pgAdmin
PostgreSQL 官方常用开源管理工具，适合数据库查看、编辑和维护。
Pinta
轻量级开源图片编辑软件，适合简单修图、标注和位图处理。
PlantUML
开源文本绘图工具，适合 UML、流程图、架构图和方法流程图。
Plotly.py
开源交互式 Python 可视化库，适合网页图表、仪表盘和探索分析。
PocketBase
轻量级开源后端工具，适合个人小工具、数据库、认证和文件管理。
Polars
高性能开源数据处理库，适合快速处理大型表格数据。
Polyscope
开源三维几何可视化工具，适合点云、网格、曲线和科学计算结果展示。
PostGIS
PostgreSQL 的开源空间数据库扩展，适合管理和分析地理空间数据。
PostgreSQL
开源关系型数据库，适合科研数据管理、空间数据和项目后台。
Potree
开源 Web 点云可视化工具，适合发布和浏览大规模三维点云。
Prefect
开源数据工作流工具，适合 Python 数据管道、任务调度和自动化分析。
Prettier
开源代码格式化工具，适合网页、Markdown、JSON 和配置文件格式统一。
Processing
开源创意编程环境，适合交互可视化、教学演示和生成式图形。
ProjectLibre
免费开源项目管理软件，可替代部分 Microsoft Project 使用场景。
Prophet
开源时间序列预测工具，适合趋势、季节性和节假日效应建模。
ProteoWizard
开源质谱数据转换和处理工具，适合 mzML 转换、数据提取和质谱流程准备。
PyCaret
开源低代码机器学习库，适合快速完成建模、比较和模型评估。
PyKrige
开源 Python 克里金插值工具，适合地统计插值和空间预测。
PyMC
开源贝叶斯统计建模工具，适合 MCMC、层级模型和不确定性分析。
PyMOL Open Source
开源分子结构可视化工具，适合蛋白质、配体和三维分子结构展示。
Pyomo
开源 Python 优化建模工具，适合线性、非线性和混合整数优化问题。
PySAL
开源 Python 空间统计库，适合空间自相关、空间回归和区域数据分析。
Python（科研栈）
NumPy / Matplotlib / SciPy / Pandas 覆盖科研数据处理全场景。
PyTorch
开源深度学习框架，适合神经网络、计算机视觉、自然语言处理和科研模型开发。
PyVista
开源 Python 三维可视化库，适合网格、点云、体数据和模拟结果展示。
QField
QGIS 生态的开源移动端外业采集工具，适合野外调查和空间数据采集。
QGIS
功能最强大的开源 GIS 桌面软件,支持几乎所有地理数据格式。
QIIME 2
开源微生物组数据分析平台，适合扩增子测序和群落分析。
qpdf
开源命令行 PDF 处理工具，适合拆分、合并、加密、解密和修复 PDF。
QualCoder
开源质性数据分析软件,适合文本、图片、音频和视频资料编码。
Quantum ESPRESSO
开源第一性原理计算软件，适合电子结构、材料模拟和量子化学研究。
Quarto
开源科研写作和可重复报告工具，支持 R、Python、Julia 和 Markdown。
QuPath
开源数字病理和生物图像分析软件,适合大幅组织切片图像。
R / RStudio
统计计算与数据可视化的学术标准,ggplot2 图表广泛见于顶刊。
Rasterio
开源 Python 栅格数据处理库，适合 GeoTIFF、遥感影像和栅格分析。
RAWGraphs
面向非编程用户的免费开源数据可视化工具,适合制作复杂图表草图。
RawTherapee
免费开源 RAW 图像处理软件，适合高质量照片调整和批量输出。
Rclone
开源命令行云盘同步工具，适合科研数据备份、服务器同步和批量传输。
RDKit
开源化学信息学工具包，适合分子特征、相似性和药物筛选数据处理。
Renku
开源可重复科研平台，适合项目、数据、代码和计算环境管理。
Repast Simphony
开源主体建模与仿真平台,适合社会、生态和复杂系统模拟。
Reveal.js
开源 HTML 幻灯片框架，适合网页形式课程展示、学术报告和技术演示。
revtools
用于系统综述和 Meta 分析前期文献筛选、去重和可视化的 R 包。
RIOT
免费的图片压缩优化工具，适合网页图片、论文材料和截图减小体积。
rioxarray
开源地理栅格数据工具，适合 xarray 工作流中的遥感和 GeoTIFF 处理。
robvis
用于系统综述和 Meta 分析风险偏倚评价结果可视化的 R 包和网页工具。
ROS 2
开源机器人软件框架，适合机器人控制、传感器集成和自动化实验平台。
RQDA
R 生态中的开源质性数据分析工具，适合文本编码和访谈资料整理。
RStudio IDE
免费开源 R 语言集成开发环境,科研统计分析和 R Markdown 写作常用。
Ruff
高速开源 Python 代码检查和格式化工具，适合科研脚本维护。
SAGA GIS
地形分析和地貌学研究的专业工具,DTM/DEM 分析首选。
SageMath
免费开源数学计算系统，适合符号计算、数值计算和数学建模。
SAMtools
开源测序比对文件处理工具，适合 SAM/BAM/CRAM 文件查看、排序和统计。
Satpy
开源卫星数据处理库，适合气象卫星、遥感数据读取和产品生成。
SciDAVis
免费开源科学数据分析和绘图软件，适合 Origin 类似工作流。
scikit-image
开源 Python 图像处理库，适合科研图像分析、分割、滤波和特征提取。
scikit-learn
经典开源 Python 机器学习库，适合分类、回归、聚类和模型评估。
Scilab
开源科学计算软件，适合数值计算、系统仿真、工程分析和教学。
Scilab
免费开源科学计算软件,适合数值计算、系统仿真和工程教学。
ScreenToGif
开源屏幕录制和 GIF 制作工具，适合软件教程、操作演示和网页动图。
Scribus
开源桌面出版软件，适合海报、宣传册、报告排版和印刷出版。
SENAITE LIMS
开源实验室信息管理系统，适合样品、检测、结果和实验流程管理。
Shapely
开源 Python 几何对象处理库，适合空间几何计算和矢量分析。
Shotcut
免费开源视频剪辑软件，适合轻量级课程视频和实验录像处理。
Sigil
开源 EPUB 电子书编辑器，适合电子书制作、教材整理和文档格式编辑。
SimpleITK
ITK 的简化接口，适合 Python 医学图像处理、分割、配准和体数据分析。
SiYuan 思源笔记
本地优先的块编辑知识库工具，适合中文科研笔记、双链和长期资料管理。
sktime
开源时间序列机器学习工具，适合预测、分类、聚类和时间序列建模。
Snakemake
开源科研工作流管理工具，适合自动化数据分析流程。
SNAP（ESA Sentinel）
欧空局官方遥感处理软件,专为 Sentinel 系列卫星数据设计。
SOFA Statistics
免费开源图形界面统计软件，适合非编程用户进行基础统计分析。
SolveSpace
轻量级开源参数化 CAD 软件，适合机械零件、草图和简单三维建模。
spaCy
开源自然语言处理库，适合分词、命名实体识别、文本分类和信息抽取。
Sphinx
开源文档生成工具，适合 Python 项目、科研软件说明和技术文档。
SQLite
轻量级开源/公共领域嵌入式数据库，适合小型项目和本地数据存储。
Stan
开源概率编程语言，适合贝叶斯统计、层级模型和 MCMC 推断。
Stan / RStan
开源贝叶斯统计建模工具,适合层级模型、MCMC 和复杂统计模型。
Stanza
Stanford 开源 NLP 工具包，适合多语言文本处理、分词和句法分析。
statsmodels
开源 Python 统计建模库，适合回归、时间序列、方差分析和统计推断。
Stirling PDF
开源 PDF 工具平台,支持合并、转换、压缩、OCR、加密等多种操作。
Strapi
开源 Headless CMS，适合网站内容后台、资料库和 API 管理。
Streamlit
开源 Python 数据 App 框架，适合快速制作科研小工具和模型演示界面。
Subtitle Edit
开源字幕制作和编辑工具，适合课程视频、访谈视频和教学材料字幕处理。
Supabase
开源核心的 Firebase 替代方案，适合数据库、认证、存储和实时应用。
Supervisely Community
面向计算机视觉项目的免费/开源组件平台，适合图像标注和模型管理。
SWAT+
开源流域水文与水质模型,适合径流、侵蚀、养分循环和流域管理研究。
SymPy
开源 Python 符号计算库，适合公式推导、代数计算和数学教学。
Syncthing
开源多设备文件同步工具，适合在电脑、服务器和移动设备之间同步科研文件。
Taguette
免费开源质性研究文本编码工具,适合访谈、开放题和文档标注。
Taiga
开源敏捷项目管理工具，适合任务协作、看板和迭代管理。
TensorFlow
Google 开源机器学习框架，适合深度学习、模型训练和部署。
Tesseract OCR
开源 OCR 识别引擎,支持多语言文本识别和命令行调用。
TeX Live
开源 TeX 发行版，适合 LaTeX 论文、学位论文和公式文档排版。
TeXstudio
免费开源 LaTeX 编辑器,适合论文、学位论文和公式密集型文档写作。
ToolJet
开源低代码应用构建平台，适合数据库界面、后台工具和数据看板。
Trilium Notes
开源层级笔记和个人知识库工具，适合长期项目记录和资料整理。
Tropy
免费开源研究资料管理工具，适合档案照片、历史资料和扫描图片整理。
Typst
现代开源排版系统，可作为 LaTeX 的轻量替代方案。
UGENE
免费开源生物信息桌面软件，适合序列分析、注释、比对和基础组学处理。
vegan
开源 R 群落生态统计包,支持 NMDS、CCA、RDA、多样性和群落分析。
Veusz
免费开源科学绘图软件，适合制作论文级二维图表。
VIC Model
开源大尺度水文模型,适合陆面水文过程、径流和能量平衡模拟。
VisIt
开源科学数据可视化软件，适合大规模仿真结果、三维场和网格数据展示。
Visual Studio Code
免费的代码编辑器，适合 Python、R、Markdown、网页和科研脚本开发。
VLC media player
免费开源多媒体播放器，适合播放视频、音频、实验录像和多种格式文件。
VMD
免费分子可视化和分析工具，适合分子动力学轨迹、蛋白结构和模拟结果查看。
Voyant Tools
免费的网页文本分析和可视化工具，适合词频、共现和文本挖掘入门。
VSCodium
VS Code 的开源构建版本，适合希望使用开源代码编辑器的科研用户。
VTK
开源三维科学可视化工具包，适合医学、工程、流场和三维数据展示。
Wallace
开源 R Shiny 物种分布建模平台,适合可重复生态位模型流程。
Weka
经典免费开源机器学习 GUI 工具,适合教学、分类、聚类和模型比较。
Wekan
开源 Trello 风格看板工具，适合任务卡片、项目协作和课题进度管理。
WhiteboxTools
开源地理空间分析工具箱,适合地形、水文、LiDAR 和栅格分析。
Wikibase
开源知识库平台，适合结构化数据、知识图谱和研究资料关联管理。
WinDirStat
开源磁盘空间分析工具，适合查找大文件、清理项目缓存和整理数据盘。
WinMerge
免费开源文件和文件夹比较工具，适合比较代码、表格、配置文件和文本修改。
WOFOST
经典作物生长模拟模型,常用于产量潜力和气候影响研究。
Woodpecker CI
轻量级开源 CI 自动化工具，适合代码测试、构建和部署流程。
XGBoost
开源梯度提升机器学习库，适合表格数据建模和预测分析。
Xournal++
开源手写笔记和 PDF 批注工具，适合批改论文、阅读文献和课堂板书。
Zenodo
免费的科研数据和软件发布平台，可为数据、代码和论文材料生成 DOI。
Zettlr
免费开源 Markdown 学术写作工具,适合论文草稿和文献笔记。
Zola
开源静态网站生成器，适合个人科研网站、项目文档和工具展示页。
Zotero
最强大的免费文献管理软件,支持一键抓取、多端同步、Word 插件。
Zotero Better BibTeX
Zotero 的开源 BibTeX 增强插件，适合 LaTeX、Markdown 和 Quarto 写作流程。
Zotero OCR
Zotero 开源 OCR 插件，适合将扫描版 PDF 转为可搜索文献。
Zulip
开源团队沟通工具，适合课题组讨论、项目协作和异步交流。